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Protein Databases

Protein Data Bank (PDB)

sc-PDB(screening PDB)：从PDB中收集了所有结合了配体分子的蛋白质结构信息，配体分子包括小分子、多肽（<9个残基）、以及核苷酸（<4碱基）。该库受体数量大，信息多，但没有有效分类。所以后来就有了以下数据库

TTD (therapeutic target database)：从现有文献中收集已知的潜在治疗靶点，包括蛋白质靶点和核酸靶点。一些靶点的三维结构还未解析出来。使用该数据库进行IVS研究需要对数据库进行进一步处理。

PDTD （potential drug-target database）：针对治疗靶点的数据库，不同的是，只包含有蛋白质受体，并且是已知三维结构的蛋白质受体。

DART （drug adverse reaction database）：针对有药物不良反应的蛋白质受体，该数据库收集了147 个已经确定的具有药物不良反应的蛋白质受体，还有89个潜在的受体。

SM-TF （small molecule transcription factor database）：从PDB中收集了所有能够结合小分子的转录因子结构，转录因子的功能失常与众多疾病直接相关，是很多药物的靶点蛋白。

PDBbind （a comprehensive collection binding affinities for the protein-ligand complexes in the protein data bank）:收集了PDB 数据库中所有具有实验测得的结合亲和力数据的蛋白质-配体复合物结构，包括蛋白质-配体复合物，蛋白质-蛋白质复合物，蛋白质-核酸复合物。并提供清理过后的蛋白质三维结构和对应的配体结构。

Molecular Docking Sites

AutoDock

(遗传搜索算法与基于经验的得分函数；对接过程中可以考虑受体的部分残基侧链的柔性，配体分子可以完全柔性对接）

AutoDock Vina

（搜索算法和打分函数都不同于AutoDock， 其计算速度和成功率都有很大的提高，且能在多核机器上并行运算）

DOCK

（锚定片段生长（anchor-and-grow)搜索算法；用AMBER 力场经验势能函数打分）

Glide

（商业化软件，由Schrodinger 公司提供；蒙特卡罗搜索算法，分级筛选搜索可能结合位点；使用不同精度的打分函数，可加速虚拟筛选过程）

GOLD

（商业化软件，遗传搜索算法，配体柔性，部分考虑蛋白质柔性）

MDock

（通过使用多个蛋白质受体或配体小分子构像来考虑蛋白质或小分子的柔性；打分函数为基于知识的原子对统计势）